Juicebox VR

Explorar los datos de secuenciación del genoma Hi-C en 3D en un entorno de realidad virtual!

Juicebox VR crea una representación de realidad virtual de los datos generados por el método de Hi-C para la secuenciación del genoma de tres dimensiones. Cada posición de 2D en el paisaje corresponde a un par de posiciones 1D, o loci, en el de tres mil millones carta de larga genoma humano. La altura a la posición 2D representa la frecuencia con los dos loci están en contacto en el núcleo de una célula.

Desde cerca loci con frecuencia chocan unos con otros, un "muro" masiva de contactos de corto alcance divide el paisaje. Mesetas cuadrados que salió de la diagonal corresponden a dominios genómicos condensados, llamados dominios de contacto. Picos en el paisaje corresponden a los bucles en el genoma. Dominios de contacto son a menudo demarcadas por los bucles, por lo que los dominios cuadrados con frecuencia tienen picos en su esquina.

El controlador va a volar en la dirección que se mire. Mira hacia arriba para un super salto.

Juicebox VR fue creado por Muhammad Shamim, Ido Machol y Erez Lieberman Aiden.

Los datos se extrae de:

Suhas Rao *, Miriam Huntley *, Neva C. Durand, Elena Stamenova, Ivan Bochkov, Jim Robinson, Adrian Sanborn, Ido Machol, Arina Omer, Eric Lander y Erez Lieberman Aiden. Un mapa en 3D del Genoma Humano de la Resolución de kilobases revela Principios de la cromatina Looping, Cell (2014).

* Contribuido igualmente

Tenga en cuenta que los datos utilizados para generar el paisaje es una muy pequeña región de un mapa de todo el genoma completo. El contacto mapa completo del genoma humano es un billón de veces más grande que este mapa.

Más información sobre nuestro trabajo en www.aidenlab.org.

Música: Ascenso por Stellardrone

IMPORTANTE: Para ver correctamente la aplicación, unos auriculares de realidad virtual, como por ejemplo Google Cartón, Durovis Dive, o Samsung Engranaje VR debe ser utilizado.